Vào năm 1400, Hãn vương Timur Lenk (hay Tamerlane) từ Trung Á đã thức tỉnh được các lãnh địa người Thổ vốn là chư hầu của người Ottoman cùng ông ta tấn công Bayezid. Trong trận Ankara định mệnh, vào ngày 20 tháng 7, 1402, Bayezid bị Timur bắt giam. Các con trai của ông, tuy vậy, lại chạy thoát về Serbia cho đến khi Timur qua đời (xem thêm Thời kỳ đứt quãng của Đế quốc Ottoman. Vài nguồn tin đương thời nói rằng Timur trói Bayezid bằng xích sắt trong một cái chuồng để làm chiến lợi phẩm. Tương tự như vậy, có rất nhiều câu chuyện kể về cảnh giam cầm Bayezid, có chuyện kể rằng Timur dùng Bayezid làm ghế để chân. Không những thế, có chuyện cho hay Timur còn làm nhục vợ ông là Công chúa Despina xứ Serbia, qua việc bắt bà phải trần truồng hầu hạ Timur.[15] Mỗi ngày ông đều phải chứng kiến cảnh người vợ yêu quý của ông trần truồng hầu rượu cho Timur.[16] Tuy vậy, những cứ liệu này không được cho là chính xác lắm, vì các ghi chép từ triều đình Timur nói rằng Bayezid được đối đãi tử tế, và thậm chí Timur còn khóc thương cho cái chết của ông. Tương tự vậy, lịch sử của chính Timur với các nhà vua khác chỉ ra rằng ông thật tâm khi nói rằng muốn trả lại cho Bayezid ngai vàng Ottoman. Một năm sau đó, Bayezid qua đời — vài nguồn cho rằng ông tự sát bằng cách đập đầu vào chấn song của lồng giam giữ. Có nguồn khác lại viết ông uống thuốc độc để trong chiếc nhẫn.

Trong văn chương

Thất bại của Bayezid là một chủ đề hấp dẫn các nhà văn, nhà soạn nhạc và họa sĩ phương Tây thời trước. Họ rất thích thú huyền thoại cho rằng ông bị Tamerlane đưa tới Samarkand, và thêm thắt vào hàng đống nhân vật để tạo ra một ảo mộng phương Đông vẫn còn cho đến ngày nay. Vở kịch Tamburlane Đại đế của Christopher Marlowe lần đầu lên sân khấu ở Luân Đôn năm 1587, ba năm sau đó, khi hiệp định giao thương Anh-Ottoman chính thức có hiệu lực, William Harborne đi thuyền đến Istanbul với tư cách nhân viên của Công ty Levant. Năm 1648 vở kịch Le Gran Tamerlan et Bejezet của Jean Magnon ra đời, và năm 1725 Tamerlano Handel được trình diễn lần đầu ở London; ý tưởng của Vivaldi về câu chuyện Bayezid, được viết năm 1735. Magnon viết về Bayezid, sự hấp dẫn của vợ và con gái ông; tác phẩm Handel và Vivaldi bao gồm Tamerlane và Bayezid, con gái ông ta, Hoàng tử Byzantine và công chúa Trebizond (Trabzon) trong một chuyện tình nồng nàn say đắm. Một bức họa hình tròn Schloss Eggenberg, gần Graz ở Áo, được hoàn thành vào những năm 1670, ít lâu trước khi Quân đội Ottoman tấn công Triều đình Habsburg ở Trung Âu.[17]